Η Αγία Πελαγία είναι ημιορεινός οικισμός στο δυτικοκεντρικό τμήμα του νομού Ρεθύμνης. Βρίσκεται κοντά στο Σπήλι και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 360. Απέχει περίπου 25 χλμ. Ν. του Ρεθύμνου. [5][6][7][3][4]
Ο οικισμός ήταν προσηρτημένος στην κοινότητα Μυξορρούματος από το 1925. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Μυξορρούματος και προσαρτήθηκε στον δήμο Λάμπης. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Λάμπης και προσαρτήθηκε στον δήμο Αγίου Βασιλείου. [2]
Η εκκλησία της Οσίας Πελαγίας στο κέντρο του οικισμού, από την οποία πήρε την ονομασία του. Εκκλησιαστικά υπάγεται στην Α΄ Αρχιερατική περιφέρεια της Ιεράς Μητροπόλεως Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων.