Ο Άγιος Ιωάννης είναι κτισμένος σε υψόμετρο 111 μέτρων[4] και βρίσκεται στο νότιο τμήμα του νησιού, σε απόσταση 14,5 χλμ. νοτιοδυτικά από την Κάρπαθο (ή Πηγάδια) και 7,5 χλμ ΝΔ. από τους Μενετές. Η περιοχή ανατολικά του χωριού και μέχρι τον Κήπο Αφιάρτη έχει χαρακτηριστεί καταφύγιο άγριας ζωής[5], ενώ σε κοντινή απόσταση υπάρχει αιολικό πάρκο[6]. Ως οικισμός επίσημα αναφέρεται το 1981 να απογράφεται στην τότε κοινότητα Μενετών[7] της επαρχίας Καρπάθου, με πληθυσμό 48 κατοίκων[8]. Σύμφωνα με το σχέδιο Καλλικράτης ο Άγιος Ιωάννης ανήκει στην τοπική κοινότητα Μενετών που υπάγεται στη δημοτική ενότητα Καρπάθου του δήμου Καρπάθου.