*Η Α.Ε. Χατζηκυριακείου τιμωρήθηκε με -2 βαθμούς και 2 μηδενισμούς και ο Ολυμπιακός Περάματος με -5 βαθμούς και 1 μηδενισμό. **Ο Ολυμπιακός Περάματος και η Α.Ε. Νεάπολη αποβλήθηκαν από το πρωτάθλημα.
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Πειραιά. Το κύπελλο της περιόδου 2006–07 κατέκτησε ο Αίας Σαλαμίνας, για 2η φορά στην ιστορία του.[4]