Το καλοκαίρι του 2020, οι διοικούντες των δύο κυριότερων συλλόγων του νησιού της Μυκόνου, Α.Ο. Μυκόνου και Α.Σ. Άνω Μερά Μυκόνου, αποφάσισαν τη συγχώνευση των δύο σωματείων, με σκοπό τη δημιουργία μίας πιο ανταγωνιστικής ομάδας που θα διατηρηθεί στις ανώτερες κατηγορίες της χώρας. Ο νέος σύλλογος ονομάστηκε «Αθλητική Ένωση Μυκόνου» και πήρε τη θέση της Άνω Μεράς στην Γ΄ Εθνική, ενώ δημιουργήθηκε και μία δεύτερη ομάδα (Α.Ε. Μυκόνου Β΄) που πήρε τη θέση του Α.Ο. Μυκόνου στο τοπικό πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Κυκλάδων.
Δημιουργήθηκε και γυναικείο τμήμα ποδοσφαίρου στον νέο σύλλογο, το οποίο πήρε τη θέση της Άνω Μεράς στην Γ΄ Εθνική κατηγορία.
.svg){kind=small}