Τα Αγκάθια είναι πεδινός οικισμός στο βορειοανατολικό τμήμα του νομού Λασιθίου. Βρίσκεται κοντά στους ανατολικούς πρόποδες του υψώματος «Μόδι» (539 μ.) και δίπλα στην επαρχιακή οδό Ζίρου-Παλαικάστρου, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 40. Απέχει 84 χλμ. περίπου Α. του Αγίου Νικολάου.[4][5][6][7][8]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1961 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Παλαικάστρου του νομού Λασιθίου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Παλαικάστρου και προσαρτήθηκε στον δήμο Ιτάνου. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Ιτάνου και προσαρτήθηκε στον δήμο Σητείας.[3]