Ο Άγιος Ιωάννης είναι πεδινός οικισμός της κεντρικής Ιθάκης. Βρίσκεται λίγο βορειότερα από το στενότερο τμήμα του νησιού, προς την πλευρά της Κεφαλονιάς, στους νότιους πρόποδες του Νηρίτου και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 53. Απέχει 12 χλμ. περίπου ΒΔ. από το Βαθύ. [7][5][6][8][9]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1866 και προσαρτήθηκε στον δήμο Πολυκτορίων του νομού Κεφαλληνίας. Το 1899 εντάχθηκε στον νομό Λευκάδος, το 1909 στον νομό Κεφαλληνίας και το 1946 πάλι στον νομό Λευκάδος. Το 1952 υπήχθη οριστικά στον νομό Κεφαλληνίας. Με το ΦΕΚ 244Α – 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Λεύκης και προσαρτήθηκε στον δήμο Ιθάκης. [4]