Γεννήθηκε το 1984 στο Ανόβερο της τότε Δυτικής Γερμανίας και ξεκίνησε εκεί την καριέρα του. Το 2003 εντάχθηκε στην Αννόβερο 96 και παράλληλα ήταν μέλος και της δεύτερης ομάδας. Το 2006 πήρε μεταγραφή για τη Βέρντερ Βρέμης,[1] στην οποία έμεινε για πέντε χρόνια.
Το 2011 υπέγραψε στην Άρσεναλ,[2] στην οποία αγωνιζόταν μέχρι το 2018. Η Άρσεναλ, με ανακοίνωσή της στις 7 Ιουλίου του 2017, γνωστοποίησε ότι η σεζόν 2017-2018 θα ήταν η τελευταία του χρονιά ως ποδοσφαιριστής και στη συνέχεια θα αναλάβει τις ακαδημίες της ομάδας.[3]
Στην Εθνική Γερμανίας έπαιξε για πρώτη φορά το 2004 και συμμετείχε στις αποστολές της ομάδας στο Κύπελλο Συνομοσπονδιών του 2005, και στα Μουντιάλ του 2006, του 2010 και τοy 2014 και στα Euro του 2008 και του 2012. Μετά την κατάκτηση του τροπαίου στο Μουντιάλ του 2014, δήλωσε πως δε θα παίξει ξανά με την εθνική ομάδα.[4]
Το 2006 ίδρυσε το "Ίδρυμα Περ Μερτεζάκερ" ("Per Mertesacker Stiftung"), μέσω του οποίου βοηθά τους ερασιτέχνες αθλητές και τους φτωχούς.[5]